O Instituto de Física oferece cursos de pós-graduação através dos programas a seguir:
Programa de Pós-Graduação em Física da Universidade de Brasília (PPGFIS)
A Pós-Graduação em Física da Universidade de Brasília, instituída em 1968, tem como público alvo estudantes graduados em física, química, engenharias e áreas afins, e objetiva o desenvolvimento de conhecimentos aprofundados, consequentes das investigações científica e tecnológica, nas áreas de concentração do programa. Visa também à formação de pesquisadores de alta qualidade científica e competência para atuação no setor de pesquisa, produção, desenvolvimento, inovação, além da formação de docentes para o magistério em Instituições de Ensino Superior.
Programa Nacional de Mestrado Profissional em Ensino de Física (MNPEF)
O Mestrado Nacional Profissional em Ensino de Física (MNPEF) é uma iniciativa da Sociedade Brasileira de Física (SBF) que visa ao aperfeiçoamento de professores do Ensino Médio e Fundamental no que concerne às práticas didáticas, ao uso consistente de referenciais teóricos, à construção e ao uso de sequências didáticas no ambiente escolar. Trata-se de uma ação de âmbito nacional que se fundamenta em um ensino em redes, com coordenações locais em diversos estados brasileiros, e uma coordenação-geral, responsável pela manutenção e pela revisão das ações precípuas do curso, em particular a sua qualidade. Sendo assim, o MNPEF se divide em polos e a Universidade de Brasília (UnB) é o polo número 01.
Programa de Pós-Graduação em Ensino de Ciências (PPGEC)
O Programa oferece um curso de mestrado profissional em Ensino de Ciências, recomendado pela Capes com conceito 4. O objetivo do curso é contribuir com a melhoria da qualificação profissional de professores de Ciências do nível básico, e das Licenciaturas em Ciências ou afins, com base no desenvolvimento de conteúdos de Ciências; de aspectos teóricos, metodológicos e epistemológicos relativos ao Ensino de Ciências; além do uso de novas tecnologias no ensino.